晋朝(265—420)包括西晋和东晋。两晋王朝历时150余年，除西晋太康年间出现过短暂的南北统一、社会安定、经济繁荣局面外，长期处于社会动荡、民族纷争、战乱不己的环境之中。
两晋军制，基本沿袭汉魏而略有变化，注重加强皇权对最高军权的控制，集重兵于中央，同时分封宗室请王或异性大族都督州镇要地，以图巩固中央集权统治。军事领导体制西晋承袭汉、魏，建立中央高级武官系统，以大司马、大将军、太尉和照骑、车骑、卫将军、诸大将军等为高级武官。其中，加都督中外诸军事之衔者，为指挥全国军队的最高长官．代表皇帝掌握最高军权。下设中军将军总统宿卫，左右卫将军统领宫殿禁军，领军”、护军(初称中领军、中护军)等分领宫门及京师城内禁军，四护军统领城外诸军。与此同时，大封同姓诸王，委派宗室出任重要州镇都督，掌握一方军政大权；置四镇(四镇，即镇东、镇西、镇南、镇北)、四征、四平、四安等将军，以统分置于各地的外军。沿边屯军将领，称校尉，如乌桓校尉、西戊校尉、南蛮校尉等。
东晋亦以加都督中外诸军事者为员高军事统帅，但皆由王、桓等几家异姓世家大族充任；出任重要州镇都督的也往往是大族，旦一人身兼数州都督，权人非常。东晋整个军权都把持在异姓世家大族手中。
中央掌握全国日常军事行政事务的机构，晋初为设于尚书省的驾部，太康以后改称五兵曹，没左右中兵、左右外兵、都兵、别兵、骑兵等七曹郎，分理职内事务。东晋几经裁省，常设的唯有中兵曹郎和外兵营郎。